Los aspectos negativos con la automedicación son las apariciones de interacciones medicamentosas. Se conoce como interacción farmacológica a la modificación del efecto de un fármaco por la acción de otro cuando se administran conjuntamente. Esta acción puede ser de tipo sinérgico (cuando el efecto aumenta) o antagonista (cuando el efecto disminuye). Esta modificación suele traducirse en una variación de la intensidad (aumento o disminución) del efecto habitual o en la aparición de un efecto distinto (subterapéutico, terapéutico o toxicológico) al esperado.
Otro aspecto que se plantea como negativo en la automedicación es la aparición de una serie de reacciones adversas como son la aparición de otras patologías, por el abuso indiscriminado de estas sustancias, que muchas veces ponen en riesgo la vida del paciente.
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