Algunas de las áreas de investigación del IIH datan del año 1985: sistemática y ecología de microalgas marinas y de agua dulce, ecología de pesquerías, impacto sobre áreas costeras y relevamiento de recursos costeros. Diez años después con el objetivo de consolidar este grupo de trabajo se crea el Laboratorio de Hidrobiología. El grupo de trabajo inicial continúa y el laboratorio incorpora nuevas líneas de investigación y nuevos integrantes.
Los estudios referidos a sistemática y ecología de macroalgas marinas y de agua dulce se realizaron inicialmente través de Proyectos de Investigación dependientes de la Secretaría de Ciencia y Técnica de la Nación, de la Secretaría de Ciencia y Técnica de la Universidad Nacional de la Patagonia y del Consejo de Ciencia y Técnica de la Provincia del Chubut. Algunos de ellos se efectuaron en colaboración con otras sedes de la Universidad como Esquel y Puerto Madryn, y con otras universidades como la Universidad Nacional de La Plata o centros de investigación como el Centro Nacional Patagónico dependiente del CONICET.
Las áreas de estudio comprendieron ambientes marinos y acuáticos. Entre los trabajos que se realizan, se destacan: 1) el Monitoreo de Floraciones Algales Nocivas (FANs), que se lleva a cabo desde 1993, en colaboración con organismos provinciales (Secretaría de Pesca, Secretaría de Salud, Ministerio de Ambiente y Secretaría de Turismo), el cual permite entender y predecir el fenómeno de toxicidad en moluscos (Marea Roja), que se produce regularmente en la zona costera chubutense, 2) el control de microalgas obturadoras de filtros y productoras de toxinas en Plantas Potabilizadoras de agua de la región, que se realiza desde el año 1986, y 3) el monitoreo del alga invasora Didymosphenia geminata “moco de roca”, en ríos y arroyos andinos de todas las cuencas cordilleranas de nuestra provincia y de las provincias vecinas de Río Negro y Santa Cruz.
Las tareas de investigación que enfocaron aspectos de las pesquerías en la zona de Puerto Rawson se realizan desde 1986, con una avanzada visión ecosistémica con proyectos que evalúan las comunidades ícticas de la zona. Desde el año 2000 y hasta el año 2015, a través de los correspondientes Acuerdos de Trabajo entre la Secretaría de Pesca Provincial y la Facultad de Cs. Naturales y Cs. de la Salud, se realizó una asistencia técnica al Programa de Observadores a Bordo de la Provincia del Chubut (POBCh), que incluyó la formación de los observadores pesqueros. El POBCh concibe a la pesca desde un enfoque sistémico y ha permitido obtener buenos inventarios de las especies involucradas en las distintas pesquerías provinciales (varios ya publicados y presentados en reuniones científicas), aportando al conocimiento de la biodiversidad costero-marina de la región. El grupo continúa con las investigaciones en pesquerías, taxonomía y biología de las comunidades marinas.
A partir del POBCh, fue necesario generar una Colección Ictiológica para depositar las especies de peces que forman parte de las capturas incidentales de las distintas pesquerías que se desarrollan en aguas de la provincia del Chubut. En la actualidad la Colección Ictiológica se encuentra registrada en el Sistema Nacional de Datos Biológicos y cuenta con 613 ejemplares pertenecientes a 110 especies. Es importante destacar que algunas de estas especies registradas, presentes en la colección, modifican el estado de conocimiento acerca de la distribución de los peces en el Mar Argentino, siendo estos datos de gran importancia biogeográfica y por lo tanto para la comunidad científica. Esta colección es de suma importancia dado que documenta las especies que son capturadas en nuestras costas, la cual se ve continuamente modificado por la incorporación de nuevos taxones y material biológico.
Desde el año 2010, complementando los estudios sobre aprovechamiento integral de las capturas que se venían realizando desde el grupo de biología pesquera, se incorpora al Laboratorio de Hidrobiología el grupo de trabajo sobre tecnología de productos y subproductos pesqueros, quienes han desarrollado y adaptado procesos para el tratamiento de los desechos pesqueros desde el año 1999. Esta incorporación permite completar los estudios de diagnóstico sobre la problemática de los descartes y residuos pesqueros, con propuestas tecnológicas para su aprovechamiento. En esta área se incluye la elaboración de ensilados químicos y microbiológicos de pescado, su uso en la alimentación animal y como fertilizante, el aprovechamiento integral de los desechos de langostinos, la producción de quitosano, aceites de langostinos con carotenoides, extracción de colágeno y otros subproductos de interés comercial.
Se avanza en la transferencia de esta tecnología al sector privado, mediante asesoramiento técnico y participación en proyectos con empresas del sector.
En el 2015 se incorporó a laboratorio una línea de trabajo en conservación de aves acuáticas, cuyas investigaciones son de interés para la Secretaría de Pesca de Chubut y la Dirección de Fauna de la Provincia. Esta línea se encuentra desarrollando trabajos en conservación de cauquenes migratorios y de aves de humedales de importancia hemisférica (Sitios Ramsar).
En el 2016 el Laboratorio de Hidrobiología pasa a la categoría de Instituto de Investigación y funciona bajo la órbita de la Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco, dentro de la Facultad de Cs. Naturales y Cs. de la Salud de la sede Trelew.