La Biblioteca de la Sede Puerto Madryn comenzó a funcionar en 1986 dependiente por ese entonces del Departamento de Bienestar Estudiantil.
Durante los primeros años la biblioteca universitaria, inicia sus actividades anexada a la biblioteca Pública Municipal "Domingo F. Sarmiento", donde funciona la Casa de Cultura local.
Provisoriamente se traslada a una residencia estudiantil, conjuntamente con las oficinas de administración y el albergue universitario.
En 1990 culmina la primera parte del edificio de aulas, la biblioteca se aloja por mas de una década en un lugar poco adecuado para el desarrollo de sus funciones, los requerimientos se hacen cada vez más grandes, lo que da lugar a la búsqueda de una solución definitiva en el aspecto edilicio.
Desde 1995 hasta el año 1998, la unidad de información se ve afectada al desarrollo del Proyecto FOMEC Nº 562 "Modernización de la biblioteca Central y consolidación de un Sistema automatizado de bibliotecas de la Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco".