La Biblioteca comenzó a funcionar en el año 1966. Por unos meses estuvo ubicada en la Escuela Provincial Nº 21. Se hizo cargo de la misma la profesora de Letras Sra. Delia Bianco, convocada por César Luengo, quien estaba organizando el IDES (Instituto de Estudios Superiores), que dependía académicamente de la Universidad Nacional del Sur en Bahía Blanca y administrativamente de la Provincia del Chubut. Los primeros libros fueron de la editorial Espasa Calpe.
Pocos meses después la biblioteca se mudó junto con el IDES a San Martín 330. Más adelante el IDES pasó a ser IUT (Instituto Universitario Trelew) en 1972, pero siguió estando adscripto de la Universidad del Sur.
La biblioteca cambió nuevamente de lugar, se mudó a Avda. Fontana al 300 y ya cuando se pasó al edificio de la calle Rawson y Belgrano (1975) se la ubicó en un lugar más adecuado para su funcionamiento.
Gabriel Antonio Puentes, fue profesor en la UBA y en otros colegios. Viajaba al interior y pasaba 3 o 4 semanas en alguna escuela rural antes de volver. Como docente viajero, dictó distintas cátedras en la carrera de Historia del IDES. Cuentan, quienes tuvieron el privilegio de ser sus alumnos, que sus clases consistían en reflexiones, era agudo y preciso y alentaba al debate entre quienes lo escuchaban. Sembraba el amor por los libros y se remitía a ellos y a sus autores para generar intercambios en las aulas, y también en los pasillos.
Además de docente, fue escritor, autor de libros en los que ahondó en problemas de la historia argentina insuficientemente abordados por la historiografía.
La muerte lo sorprende un 24 de marzo de 1972 cuando tenía todavía mucho que dar como docente de alma que era y también como investigador comprometido.
El respeto y reconocimiento que cosechó en toda la comunidad universitaria, hizo que sus compañeros docentes propusieron darle su nombre a la biblioteca. La postulación fue aceptada por unanimidad y refrendada por resolución del IDES N° 559.
A partir de 1981 la BUGAP se convierte en la Biblioteca Central de la Sede Trelew de la Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco.